Istnienie obszarów specjalnej ochrony siedlisk oraz specjalnej ochrony ptaków, czyli tak zwanych obszarów Natura 2000 budzi wiele kontrowersji. Obowiązek ich ustanawiania został Polsce narzucony dyrektywami w sprawie ochrony dzikiego ptactwa oraz w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory. W wyniku ich implementacji obszary Natura 2000 zostały dopisane do polskiego systemu prawnego jako formy ochrony przyrody, obok parków narodowych, czy też rezerwatów przyrody.

Wątpliwości budzi jednak nie sam fakt ustanawiania obszarów, ale przede wszystkim ich wpływ na prawo własności nieruchomości, znajdujących się na ich obszarach lub też w granicach ich oddziaływania. Powszechnie wiadomym jest, iż w granicach określonych przez ustawy i zasady współżycia społecznego właściciel może, z wyłączeniem innych osób, korzystać z rzeczy zgodnie ze społeczno-gospodarczym przeznaczeniem swego prawa, w szczególności może pobierać pożytki i inne dochody z rzeczy. W tych samych granicach może też rozporządzać rzeczą. Każde ograniczenie prawa własności nieruchomości budzi więc zrozumiały sprzeciw.

Wyznaczenie obszaru Natura 2000 nie wpływa na sposób zagospodarowania działki. To prawda, że na terenie objętym ochroną zabrania się działań, mogących znacząco negatywnie oddziaływać na środowisko, jednak brzmienie nakazów i zakazów formułuje dopiero plan ochrony dla danego obszaru. Przewrotnie powiedzieć można, że jeśli inwestycja nie szkodzi przyrodzie i środowisku, to nic nie stoi na przeszkodzie, by ją zrealizować w obrębie obszaru Natura 2000.

Niestety, wraz z upływem czasu od dnia ustanowienia obszaru, sytuacja się komplikuje, nawet jeśli sprawująca nadzór nad obszarem regionalna dyrekcja ochrony środowiska nie przystąpi do sporządzenia planu ochrony lub też planu zadań ochronnych. Opracowywane przez gminę dokumenty planistyczne, a zatem studium zagospodarowania przestrzennego oraz plan miejscowy, a także indywidualnie wydawane decyzje, dotyczące zagospodarowania działki, powinny uwzględniać zasady ochrony obszarowych form ochrony przyrody. Jeżeli zatem organ stwierdzi, iż planowana inwestycja może potencjalnie zagrozić przedmiotom ochrony, ma prawo odmówić wydania korzystnej decyzji.

Procedura wyznaczania obszarów Natura 2000 pomija udział społeczeństwa. W wyniku tego właściciele gruntów dowiadują się o ich istnieniu w najlepszym wypadku dopiero w związku z przystąpieniem przez regionalną dyrekcję ochrony środowiska do sporządzania planu ochrony lub planu zadań ochronnych danego obszaru Natura 2000, a najczęściej otrzymując negatywną decyzję o warunkach zabudowy.

Niestety, mimo iż nie powinno ulegać wątpliwości, że ustanowienie obszaru Natura 2000 może mieć znaczący wpływ na sposób wykonywania prawa własności, przepisy bardzo słabo chronią właścicieli nieruchomości. Ustawa o ochronie przyrody przewiduje jedynie, iż jeżeli działalność gospodarcza, rolna, leśna, łowiecka lub rybacka wymaga dostosowania do wymogów ochrony obszaru Natura 2000, na którym nie mają zastosowania programy wsparcia z tytułu obniżenia dochodowości, regionalny dyrektor ochrony środowiska może zawrzeć umowę z właścicielem lub posiadaczem obszaru, która zawiera wykaz niezbędnych działań, sposoby i terminy ich wykonania oraz warunki i terminy rozliczenia należności za wykonane czynności, a także wartość rekompensaty za utracone dochody wynikające z wprowadzonych ograniczeń. Nie każda nieruchomość jednak jest wykorzystywana w sposób przewidziany w przytoczonym przepisie. Oznacza to, iż właściciel nieruchomości, nie wykorzystując jej na cele rolnicze, czy rybackie, będzie miał problem z uzyskaniem jakiegokolwiek świadczenia.

Drugim rozwiązaniem jest możliwość ubiegania się o odszkodowanie na podstawie przepisów dotyczących ochrony środowiska. Jeżeli bowiem w związku z ograniczeniem sposobu użytkowania nieruchomości korzystanie z niej lub z jej części w dotychczasowy sposób lub zgodny z dotychczasowym przeznaczeniem stało się niemożliwe lub istotnie ograniczone, właściciel nieruchomości może żądać wykupienia nieruchomości lub jej części. Może też żądać odszkodowania za poniesioną szkodę. Zakres ochrony jest zatem znacznie szerszy, niż na gruncie przepisów dotyczących ochrony przyrody, jednakże roszczeń tych można dochodzić tylko przez okres dwóch lat od dnia ustanowienia obszaru Natura 2000.

Mając na uwadze wspomniany wcześniej fakt, iż właściciele bardzo często przez dłuższy okres czasu nie zdają sobie sprawy, iż należąca do nich nieruchomość znalazła się na terenie lub w sąsiedztwie obszaru Natura 2000, odszkodowanie za ustanowienie tej formy ochrony przyrody wydaje się pozorne. Nie oznacza to jednak, iż dochodzenie rekompensaty za poniesioną szkodę jest całkowicie niemożliwe.

Warto wspomnieć, iż sprawą zainteresował się Rzecznik Praw Obywatelskich, wskazując na potencjalną niezgodność powyżej omówionych przepisów z konstytucją. Do dnia dzisiejszego ustawodawca nie podjął jednak skutecznych działań w celu zmiany obowiązujących aktów.

Tymczasem w wyroku Europejskiego Trybunału Praw Człowieka w sprawie Potomscy przeciwko Polsce stwierdzone zostało, iż każda ingerencja w prawo własności powinno zapewniać właściwą równowagę pomiędzy interesem publicznym a ochroną praw jednostki. Korzystanie z prawa własności nie polega bowiem jedynie na obowiązku powstrzymywania się przez państwo od ingerencji, ale także prowadzi do powstania obowiązku działań pozytywnych. Wyrok ten zatem daje nadzieję na zwiększenie skuteczności dochodzenia roszczeń przez właścicieli nieruchomości z tytułu ustanowienia obszaru Natura 2000.